杂志名称：Nucleic Acids Res.

发表日期：2023.10.09

DOI：10.1093/nar/gkad820.

PubMed：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37811897

影响因子：14.9

肿瘤细胞与其微环境之间的相互作用在癌症的发起、进展和转移中起着关键作用。空间转录组学数据为揭示癌症中的复杂细胞状态和细胞-细胞相互作用提供了新的机会。在本研究中，我们开发了空间组学癌症资源(SORC)，这是一个可以可视化并分析癌症中的空间转录组学数据的互动资源。我们手动收集了17种癌症的空间转录组学数据集，包括722,899个位点跨越269个切片。此外，我们根据参考的单细胞RNA测序数据，确定了每个位点的细胞组成，涉及334,379个细胞和46种细胞类型。SORC提供五个主要的分析模块，以满足空间转录组学数据分析的主要需求，包括片段注释、空间变异基因识别、免疫细胞与肿瘤细胞的共存、功能分析和细胞-细胞通信。所有这些空间转录组学数据和深入分析已经被集成到一个易于浏览和探索的用户界面中，并以直观的表格和各种图形形式进行可视化。总的来说，SORC作为一个有价值的资源，提供了一个前所未有的空间解析的癌症细胞图谱，有助于识别特定的基因和功能途径，从而加深我们对肿瘤微环境的理解。

本论文描述了SORC（空间组学癌症资源），这是一个集成的空间转录组学数据库，为研究和理解癌症的细胞状态和相互作用提供了强大的工具。研究团队策划了17种癌症的空间转录组学数据集，并与单细胞RNA测序数据进行了匹配，以进行更深入的分析。

SORC的价值在于它为科学家提供了一个直观和互动的平台，以研究和理解癌症的微观环境。这个工具的五个主要分析模块（片段注释、空间变异基因识别、免疫细胞与肿瘤细胞的共存、功能分析和细胞-细胞通信）可以帮助科学家识别特定的基因和功能途径，这些途径可能在癌症的发生和进展中起着重要的作用。

总的来说，SORC为癌症研究提供了一个强大的资源，有助于提高我们对肿瘤微环境的理解，进而可能有助于发展新的治疗策略。

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